新島学園では専用の通学バスを運行しており、学園から距離がある、もしくは公共交通機関が使いづらい生徒の利便性を支えています。方面は群馬県下仁田町から出発する系統と、長野県小諸市から出発する系統の2種類です。行きも帰りも数本運行していますので、部活動の朝練習、放課後練習にも対応しています。なお、2021年度から、長野方面バスには2階建て車両が導入されました。